Install R in ubuntu from command line

 Steps to install R in ubuntu from command line:

1. add the following configuration in /etc/apt/sources.list file
   # configuration for R
   deb http://cran.nexr.com/bin/linux/ubuntu precise/
2. Command: sudo apt-get update
3. Command: sudo apt-get install r-base
4.  Command to start R: R
5. Command to quit R: q()

NOTE:

1) Step-1 is dependent on the version of ubuntu. You can find the ubuntu version using the following command:

 lsb_release -a

2) You can also different mirror site for step-1. The list is available here.

3) You may need to use secure apt. In that case, just after step-1 (before step-2), run the following commands:

gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E084DAB9

 gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add - 

 
Reference: http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README

Continuous Query

Today I came to know a new concept in DB - Continuous Query. Traditionally, one query is run once over the current dataset and it is completed. Continuous query, in contrast, logically runs continuously over the database. Possible application of this type of query may be in Stock market, Traffic monitor etc.

Reference:
Shivnath Babu, Jennifer Widom, Continuous queries over data streams. http://ilpubs.stanford.edu:8090/527/1/2001-9.pdf

DNA Cut-Paste

• রেস্ট্রিকশন এনজাইম (Restriction Enzyme) নামে কিছু প্রোটিন আছে যা দিয়ে ডিএনএ কে কিছু নির্দিষ্ট জায়গায় কাটা যায়। ব্যাক্টেরিয়া থেকে খুব কম খরচেই রেস্ট্রিকশন এনজাইম তৈরি করা যায়। 
• একেকটা ব্যাক্টেরিয়া একেকটা নির্দিষ্ট ক্রমে (সিকোয়েন্সে) ডিএনএ কাটতে পারে, একে বলে রিকগনিশন সাইট (Recognition site) বা ক্লিভেজ সাইট (Cleavage site)। রিকগনিশন সাইট সাধারণত ৪, ৬ কিংবা ৮ টা ক্ষার নিয়ে তৈরি।
• ডিএনএ কাটা যেমন একটা নির্দিষ্ট ক্রম থেকে শুরু হয়, তেমনি একটা নির্দিষ্ট ক্রমে শেষ হয়। তবে বেশির ভাগ ক্ষেত্রেই ডিএনএর দুইটা সুতা শেষ প্রান্তে অসমানভাবে কাটে। অসমান দুই সুতার শেষ প্রান্তে একে অপরের পরিপূরক ক্রম থাকে, যা উপযুক্ত পরিবেশে হাইড্রোজেন বন্ধন তৈরির মাধ্যমে খাপে-খাপে মিলে যেতে পারে। এই দুই প্রান্তকে তাই বলে স্টিকি প্রান্ত (Sticky end)।

 (সৌজন্যে: Essentials of Medical Genomics by Stuart M. Brown)

• দুইটা স্টিকি প্রান্তের মধ্যে ফসফেট বন্ধন তৈরির মাধ্যমে জোড়া লাগানোর জন্য ডিএনএ লাইগেজ (DNA Ligase) নামের ব্যাক্টেরিয়াল এনজাইমও আছে। এই জোড়া লাগানোকে বলে ডিএনএ পেস্টিং।
• এভাবে রেস্ট্রিকশন এনজাইম ও ডিএনএ লাইগেজ ব্যবহার করে মাধ্যমে দুইটা ভিন্ন প্রজাতির ডিএনএ কাট-পেস্টের মাধ্যমে নতুন কৃত্রিম কম্বিনেশন তৈরি করা যেতে পারে।